Trước khi sử dụng lò đốt chất thải, chất thải phải được phân loại nghiêm ngặt, tránh thêm các loại đá dễ cháy, dễ nổ, kim loại hoặc lớn và các vật liệu không phù hợp khác. Lượng chất thải cấp vào cần được kiểm soát hợp lý theo công suất thiết kế của thiết bị để tránh hiện tượng cháy không hoàn toàn hoặc làm thiết bị bị quá tải do nạp quá nhiều chất thải cùng một lúc. Lò đốt nhỏ hoặc di động nên được cấp liệu theo mẻ để đảm bảo nhiệt độ và hiệu suất đốt đồng đều.
Khi khởi động thiết bị, cần thực hiện gia nhiệt trước để đảm bảo lò đạt nhiệt độ cao ổn định. Trong quá trình đốt cần chú ý điều chỉnh luồng khí và tốc độ đốt để đảm bảo đốt cháy hoàn toàn chất thải trong môi trường nhiệt độ cao. Luồng khí thổi và thời gian đốt có thể được điều chỉnh phù hợp theo độ ẩm và loại chất thải để đảm bảo quá trình oxy hóa hoàn toàn chất thải đồng thời giảm nguy cơ phát sinh khí thải và ô nhiễm thứ cấp.
Trong quá trình vận hành, lò, ống xả, hệ thống kiểm soát quá trình đốt cháy và thiết bị lọc khí thải phải được kiểm tra thường xuyên để đảm bảo hoạt động bình thường. Sau mỗi lần vận hành, cặn lò, tro làm mát và tro tích tụ trong thùng tro phải được làm sạch để tránh tắc nghẽn hoặc tích tụ tro quá mức có thể ảnh hưởng đến hiệu suất đốt tiếp theo. Đối với hệ thống lọc khí thải, tình trạng hoạt động của túi lọc, máy hút bụi, thiết bị hấp phụ than hoạt tính cần được kiểm tra thường xuyên để đảm bảo lượng khí thải đạt tiêu chuẩn. Người vận hành phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy trình an toàn và đeo các thiết bị bảo hộ cần thiết như găng tay, khẩu trang và kính an toàn. Các thiết bị tắt khẩn cấp, hệ thống cảnh báo nhiệt độ và áp suất trên thiết bị phải được duy trì hoạt động tốt.