Khi không sử dụng trong thời gian dài, lò đốt rác thải cần được bảo quản ở môi trường khô ráo, thông thoáng để tránh bị ăn mòn, rỉ sét do ẩm, mưa hoặc độ ẩm cao. Nơi bảo quản phải bằng phẳng, chắc chắn, tránh xa các chất dễ cháy, nổ, ăn mòn để đảm bảo an toàn. Cũng nên tránh ánh nắng trực tiếp kéo dài để tránh lão hóa vỏ thiết bị và gioăng cao su.
Trước khi bảo quản, thiết bị phải được vệ sinh kỹ lưỡng để loại bỏ tro, nước thải và các tạp chất ra khỏi lò, hệ thống loại bỏ tro và ống xả. Các bộ phận kim loại quan trọng, đặc biệt là vỏ buồng đốt, ổ trục quạt và ống xả có thể được phủ một lớp dầu chống rỉ hoặc sơn chống ăn mòn. Đối với những thiết bị bảo quản lâu ngày có thể bọc bằng màng nhựa hoặc tấm che bụi để ngăn bụi và tạp chất xâm nhập vào thiết bị.
Trong quá trình bảo quản, thiết bị cần được kiểm tra thường xuyên, lý tưởng nhất là 1–3 tháng một lần. Kiểm tra tính toàn vẹn của các vòng đệm, van, quạt và hệ thống điều khiển điện; giải quyết kịp thời mọi vết rỉ sét hoặc lỏng lẻo. Bôi trơn nhẹ các bộ phận quay của phím để tránh bị kẹt hoặc hư hỏng do không hoạt động trong thời gian dài. Ghi lại kết quả kiểm tra để đảm bảo thiết bị ở tình trạng tốt trước khi tái sử dụng.