Thân máy hủy chất thải y tế thường được làm bằng thép không gỉ chống ăn mòn để chống ăn mòn từ chất lỏng hoặc hóa chất trong quá trình xử lý. Lưỡi dao, đầu cắt và buồng băm yêu cầu thép hợp kim chịu mài mòn, cường độ cao để đảm bảo chúng vẫn sắc bén và chống mài mòn ngay cả sau khi sử dụng lâu dài. Giai đoạn thiết kế cũng cần xác định công suất xử lý của máy hủy, số lượng lưỡi dao, tốc độ quay và kích thước hạt đầu ra để đáp ứng yêu cầu xử lý các loại chất thải y tế khác nhau. Dựa trên bản vẽ thiết kế, thân máy, đầu cắt, vòng bi, hệ thống truyền động và đầu vào/ra cấp liệu được gia công và tạo hình. Các lưỡi dao yêu cầu gia công chính xác để đảm bảo cắt đồng đều. Trong quá trình lắp ráp, đầu dao cắt được cố định vào trục chính và các ổ trục, bộ giảm tốc hoặc động cơ được kết nối với bộ phận chính để đảm bảo hệ thống truyền động vận hành trơn tru. Buồng băm và cổng xả phải được bịt kín để tránh rò rỉ bụi thải và nâng cao độ an toàn khi vận hành.
Sau khi lắp ráp, cần phải chạy thử không tải và đầy tải để kiểm tra hiệu quả băm nhỏ, độ ổn định khi vận hành lưỡi dao và tính hiệu quả của các thiết bị an toàn. Điều chỉnh khe hở đầu cắt, tốc độ quay và kích thước hạt xả dựa trên kết quả vận hành thử nghiệm để đảm bảo máy nghiền có thể xử lý nhiều loại chất thải y tế khác nhau, bao gồm ống tiêm, ống truyền và chất thải trong phòng thí nghiệm, đồng thời đáp ứng các yêu cầu về an toàn vận hành và bảo vệ môi trường. Sự dễ dàng làm sạch và khử trùng cũng cần được xem xét trong quá trình chuẩn bị. Thân máy và bề mặt buồng nghiền phải nhẵn, không có góc chết để dễ dàng vệ sinh và khử trùng thường xuyên. Các dao cắt phải có thể tháo rời để khử trùng thuận tiện, giảm nguy cơ lây nhiễm chéo.