Thiết bị xử lý chất thải y tế là thiết bị có mức độ rủi ro cao; người vận hành phải được đào tạo chuyên nghiệp và tuân thủ nghiêm ngặt các quy trình vận hành. Phải đeo các thiết bị bảo hộ như găng tay, quần áo bảo hộ, khẩu trang trong quá trình vận hành để tránh tiếp xúc trực tiếp với chất thải y tế. Trước khi vận hành thiết bị, hãy kiểm tra xem nguồn điện, khí đốt, hơi nước hoặc nhiên liệu có bình thường không và đảm bảo tất cả các hệ thống đều ở tình trạng an toàn. Nghiêm cấm vệ sinh hoặc bảo trì khi thiết bị không tắt, làm mát hoặc chưa hoàn thành quá trình tự kiểm tra.
Chất thải y tế phải được phân loại nghiêm ngặt theo chủng loại như chất thải lây nhiễm, chất thải bệnh lý, chất thải dược phẩm và chất thải hóa học. Chất thải được phân loại phải được niêm phong và đóng gói, đồng thời giảm thiểu việc tiếp xúc và xử lý để tránh rò rỉ và ô nhiễm thứ cấp. Việc trộn rác thải sinh hoạt thông thường vào hệ thống xử lý chất thải y tế đều bị cấm nhằm ngăn ngừa tắc nghẽn thiết bị hoặc giảm hiệu quả xử lý.
Trong quá trình vận hành, hãy chú ý xem các thông số nhiệt độ, áp suất, thời gian xử lý và khí thải có đáp ứng tiêu chuẩn hay không để ngăn ngừa việc xử lý không hoàn toàn hoặc ô nhiễm thứ cấp. Cần thực hiện bảo trì thường xuyên như vệ sinh lò, kiểm tra vòng đệm, hệ thống lọc khí thải và hệ thống điều khiển điện để đảm bảo hoạt động ổn định lâu dài. Nguồn điện và nhiên liệu phải được ngắt kết nối trong quá trình bảo trì và phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy trình vận hành an toàn.
Khí thải, nước thải, cặn thải do thiết bị xử lý chất thải y tế phát sinh phải được xử lý đạt tiêu chuẩn môi trường trước khi thải ra ngoài. Người vận hành nên thường xuyên theo dõi các thông số phát thải và đảm bảo hoạt động bình thường của các thiết bị lọc khí thải, hệ thống xử lý nước thải và cơ sở thu gom cặn. Môi trường xung quanh cần được giữ sạch sẽ để tránh tích tụ chất thải hoặc lây lan ô nhiễm.
Trong trường hợp thiết bị gặp trục trặc, rò rỉ, hỏa hoạn hoặc các trường hợp khẩn cấp khác, kế hoạch khẩn cấp phải được kích hoạt ngay lập tức, chẳng hạn như cắt điện, cung cấp nhiên liệu hoặc dừng hệ thống chuyên chở, đồng thời thông báo kịp thời cho nhân viên quản lý và các bộ phận liên quan. Người vận hành nên làm quen với chức năng báo động và tắt khẩn cấp của thiết bị để đảm bảo có thể kiểm soát rủi ro trong thời gian ngắn nhất.